全程水处理器的工作原理主要基于电磁场和超声波的作用。12
防垢除垢：全程水处理器通过主机产生的电磁场和超声波作用于水系统管路上，使管道内的水分子产生共振，将氢键缔合的水分子团变成单个的极性分子，从而改变了水的活化性。这些极微小的水分子可以渗透、包围、溶解系统中的老垢，提高水分子对钙镁离子、碳酸根离子等成垢组分的水合能力，阻止水垢的形成。同时，在电磁场和超声波的作用下，原有的水垢结晶逐渐变得松软、脱落、溶解，从而达到除垢的目的。
防腐防锈：氧化腐蚀和垢下原电池腐蚀是水系统管道及设备腐蚀和生锈的主要原因。在电磁场和超声波的作用下，水垢得以控制和去除，溶解氧与水分子结合不易析出，从而抑制氧化腐蚀和垢下原电池腐蚀的发生，起到良好的防腐阻锈作用。
杀菌灭藻：电磁场在工作时产生微电子流，破坏细菌、藻类赖以生存的环境。溶解氧在电磁场和超声波的作用下形成如O3、H2O2等对细菌、藻类具有极强杀伤力的物质，起到杀菌灭藻的作用。
通过这些工作原理，全程水处理器能够有效地解决循环水系统中常见的腐蚀、结垢、菌藻滋生和水质恶化等问题，提供综合的水处理解决方案。